به نظر می‌رسد آبغوره هایی که در کارخانه‌های معروف و معتبر تولید می‌شوند، از نظر بهداشت و سلامتی مشکلی نداشته باشند. درخصوص تهیه خانگی آبغوره و نگهداری آن رعایت نکات ذیل ضروری به نظر می‌رسد؛ بعد ازپاک کردن غوره‌ها و گرفتن دم و شستن آنها می‌توانید از آبمیوه گیری استفاده کنید و پس از آن درصورت وجود هسته‌های غوره در آبغوره، آن را در توری ریخته و هسته‌ها را جدا کنید تا مزه آن تلخ نشود. هم چنین بهتر است از مخلوط‌کن برای آبگیری استفاده نکنید زیرا هسته غوره هم خرد‌شده و داخل آبغوره می‌شود و آن را تلخ می‌کند. سپس درکوتاه‌ترین فرصت آبغوره را در شیشه ریخته و تا مرحله نزدیک جوش حرارت داده شود تا آنزیم‌ها و باکتری‌ها از بین بروند. البته این کارباعث تغییررنگ آبغوره می‌شود اما با انجام این کار، کپک‌ها امکان رشد را از دست می‌دهند. توصیه می‌شود زمانی که آبغوره داخل شیشه ریخته می‌شود، ظرف تا نزدیکی لبه آن پرشود. همچنین می‌توانید به مقدار خیلی کم لبه شیشه را خالی بگذارید و سپس در‌پوشی روی آن قرار دهید که با ایجاد خلا، هوا داخل محصول راه نمی‌یابد و جایی برای رشد کپک‌ها وجود نخواهد داشت. روش دیگر این است که از ترکیب آب و آرد، خمیری تهیه کنید و دور در ظرف را با خمیر بپوشانید تا از ورود هوا به داخل ظرف جلوگیری شود. بستن در بطری با نوارچسب‌های بسیارمحکم نیزمی‌تواند در ظرف را به طور کامل پلمپ کند. برای نگهداری طولانی‌مدت آبغوره می‌توانید آن را در شیشه‌های کوچک نگه‌ دارید تا بتوانید پس از بازکردن هر شیشه را در مدت کوتاهی مصرف کنید. هم‌چنین در صورتی که مایل به استفاده ازغوره در فصل‌هایی که غوره وجود ندارد هستید می‌توانید مقداری غوره را در آبغوره بریزید و بعدا ازآن استفاده کنید.

قرار دادن آبغوره در معرض آفتاب باعث ایجاد تغییرات شیمیایی در آن می‌شود، بنابراین لازم است از انجام این ‌کار اجتناب شود. هم‌چنین نگهداری آبغوره در ظروف پلاستیکی باعث تجزیه تدریجی این ظروف و ورود مواد‌ شیمیایی به داخل آبغوره و ظاهر رگه ‌رگه آن می‌شود که برای سلامتی بسیارخطرناک است. برای تهیه آبغوره نوع غوره مورد استفاده زیاد مهم نیست اما بهتر است از غوره عسگری استفاده شود زیرا غوره‌هایی که دارای هسته‌های بزرگ هستند می توانند مزه آبغوره را تلخ و گس کنند. از آن‌جایی که بعضی از غوره‌ها ترش‌تر از برخی دیگر هستند، اگر میزان ترشی آبغوره به میزان دلخواه نباشد می‌توانید آن را به مدت چند دقیقه بجوشانید تا کمی غلیظ‌تر و ترش‌تر شود. این عمل به نگهداری طولانی‌تر آن نیزکمک می‌کند. در صورتی که علیرغم موارد توصیه شده نگران کپک‌زدن آبغوره خانگی هستید می‌توانید از محصولات صنعتی استفاده کنید و آن را به‌مدت طولانی نگهداری کنید. زیرا در صنعت برای جلوگیری از کپک‌زدن این محصول، مواد نگهدارنده به آن اضافه می‌شود و هم چنین آبغوره تحت فرایند پاستوریزه شدن قرار می گیرد.